Patoģenēze pēta slimības attīstību un ar to saistīto notikumu ķēdi, kas soli pa solim nosaka skarto orgānu šūnu un audu morfofunkcionālās izmaiņas. Šīs izmaiņas var izraisīt ķīmiski, fiziski vai bioloģiski aģenti (vīrusi, baktērijas utt.).
Lai gan etioloģija nosaka cēloņus, patoģenēze pēta sekas.
Lasot medicīnas tekstus, mēs varam sastapties ar tādiem terminiem kā: mikrobu patoģenēze, iekaisuma patoģenēze, vīrusu patoģenēze, ļaundabīga patoģenēze (slimības, parasti audzēja, tendence pakāpeniski pasliktināties, līdz tā kļūst potenciāli letāla). Daudzas slimības atpazīst dažādus cēloņsakarības faktorus (daudzfaktoru etioloģija), un vēl vairāk ir tie, kuriem raksturīgi dažādi evolūcijas mehānismi (daudzkārtēja patoģenēze).
