Izkārnījumu pH parasti ir neitrāls vai nedaudz sārmains (6,8 - 7,5). Skābāki izkārnījumi, fizioloģiski tikai jaundzimušajiem, var liecināt par zarnu infekcijām (Escherichia coli, Rotavirus) vai gremošanas traucējumiem, piemēram, laktozes vai tauku nepanesamību (steatorrēze aizkuņģa dziedzera nepietiekamības vai žults stāzes dēļ).
Izkārnījumu pH ietekmē subjekta uztura paradumi; piemēram, diētas, kas ir pārmērīgi bagātas ar gaļu un piena produktiem, padara izkārnījumus sārmainākus. Putrefaktīvā zarnu baktēriju flora faktiski nojauc aminoskābes, kas ir izbēgušas no absorbcijas, radot toksiskus un smirdošus amīnus; līdz ar to izkārnījumu pH ir tendence palielināties, palielinoties amonjaka ražošanai. Tāpēc nav nejaušība, ka fekāliju pH, kas ir pārāk sārmains, kopā ar īsās ķēdes taukskābju samazināšanos (skatīt butirātu), ir saistīts ar paaugstinātu kolorektālā vēža risku.
Ja pūšanas disbiozes klātbūtnē izkārnījumu pH ir tendence paaugstināties, tam ir tendence samazināties fermentatīvas disbiozes klātbūtnē, kuras cēloņi meklējami pārmērīgā ogļhidrātu uzņemšanā vai slikta tā absorbcijā ( celiakija). Pat “bagātīgas lipīdu uzņemšanas klātbūtnē, veģetārajā diētā un ilgstošā tukšā dūšā izkārnījumu pH kļūst skābs.
Lai izvairītos no testa rezultātu sagrozīšanas, izkārnījumi nedrīkst būt piesārņoti ar urīnu, un tie ir ātri jāatdzesē, lai novērstu urīnā esošā amonjaka un pūšanas baktēriju izkārnījumu pH sārmainību.